G2P-SOL项目是一个欧盟赞助的茄科作物项目，汇集了欧洲和国际上首要的种质库，其间包括马铃薯、西红柿、胡椒和茄子这四种首要茄科作物的种质资源。在该项目中，已对包括野生近缘种在内的约 5,900 个茄子种质进行了搜集。 为了取得约 3,500 个代表性种质的基因组信息，该项目规划了一组定制的 5K SNP位点的SPET 技能探针（单引物富集技能，Nugen），这些SNP位点均匀散布在整个基因组，而且SNP位点首要坐落基因丰厚的区域。 DNA 样本由基因库供给，而文库制备和 illumina 高通量基因测序由 IGA Technology 公司供给服务。测序数据经质量过滤后，运用 BWA-MEM 将reads与茄子参阅基因组序列（4.1 版）比对，并运用 GATK-4.1.9软件进行 SNP 剖析。经过删去具有低掩盖测序数据的种质，保留了 3,412 个，并经过运用严厉的质量标准承认了 120K 多态位点。其间，4306个多态位点为5K SPET探针组靶向的SNP，其他为辅佐脱靶SNP。 这些承认的SNP位点为为辨认过错符号的种质（即过错的物种辨认）和基因库内及不同基因库之间的重复的物种记载供给了重要信息。此外，SPET技能可用于树立挑选试验流程以防止不同地域进行重复的种质资源维护。 研讨茄子种质间的种群结构和遗传联络可为全基因组相关剖析（Genome wide association study，GWAS）树立中心种质库。此外，根据基因库中可用的前史表型数据，可承认与要害性状相关的位点。 试验结果表明，SPET 技能可作为简化基因组测序和基因芯片的代替办法，是一种可适用于高通量基因分型、办理和增强基因库保藏的有用东西。

SPET 技能布景介绍：

单核苷酸多态性 (SNP) 是真核生物基因组中丰厚的序列变异类型，而且已成为广泛运用的基因分型符号。 基因分型办法依赖于不同的技能，包括高通量测序NGS、基因芯片和聚合酶链式反应 (PCR)。现在，常用的高通量 SNP 发现和基因分型办法是根据简化基因组测序 (RRS)手法的高通量基因分型测序(GBS，Genotyping by Sequencing)办法，其间大多数是根据约束性内切酶的运用来片段化基因组，经过对这些酶切DNA序列来测序来代替全基因组测序，然后到达基因分型意图。 GBS技能的一个首要约束是约束酶位点并不是在基因组上随机散布的，因而无法在基因内靶向定位或定位在具有功用含义的分子符号。

Nugen公司（现Tecan Genomics公司）开发了单引物富集技能，这是一种可定制的靶向测序的解决方案，且经济实惠。 SPET技能经过已有的参阅基因组或转录组信息以及需求验证的靶向SNP组来进行探针规划。 SPET 探针长约 40bp，探针规划为与包括SNP的相邻DNA序列，因而可以检测方针SNP并发现方针周围其他的SNP。SPET开始是运用于医学范畴，多篇Nature文献都有报导。因为单引物富集相对于PCR引物规划具有更高的灵活性，2019年Scaglione等人在欧盟的项目中把该技能运用在植物分子育种的研讨中，评价了SPET技能对玉米和黑杨的基因分型运用。SPET相同可运用于种质集的基因分型。外显子的保存序列应有助于在这些区域上规划的 SPET 探针来研讨不同相关物种之间的杂交，然后进步发现新 SNP 的时机，特别是假如探针下流区域坐落保存性较低的区域，如内含子和非翻译区域 UTR。