当今的首要技能基因测序技能相对老练，DNA测序的首要办法有Sanger 测序、下一代测序 (NGS) 和长读长测序。怎么挑选基因测序办法。以下是对这些办法、优缺点和重要规范的扼要回忆，可协助您权衡下一个测序挑选。

挑选测序办法的规范

挑选测序办法的规范许多，取决于研讨人员及其项目的性质。正在研讨的生物学问题是要害。Pacific Biosciences副总裁Jonas Korlach说：“研讨的布景决议了运用哪种类型的测序，由于不同的测序办法具有不同的特征来推进挑选。”

常见的规范包含测序时刻、通量、本钱和精确度——所有这些往往会相互影响。“精确性、本钱和数据吞吐量之间的动态一直是测序技能挑选的驱动要素，在不献身精确度的情况下，本钱和通量的进步推进了DNA测序对广泛的运用。”

测序实验室本钱首要包含购买仪器费用、实验室试剂耗材费用、样本数量、方案外包测序及测序前的预备过程。还有另一个值得考虑的要素是要测序的方针的巨细，这会也影响测序时刻和本钱。

测序过程中发生的读取长度也或许会影响决议计划，由于其间一些些运用需求较长的读取长度。比方：NGS发生MIN读长（约50-500 bp），其次是Sanger测序（约500-1000 bp），然后是长读长测序（约5-30 kb）。

桑格测序

Sanger测序是一项久经考验的技能，关于少数样本来说简略快速，能够解析单个碱基对。它在掺入放射性标记的核苷酸类似物后经过链终止起作用。然后经过琼脂糖凝胶电泳分离得到的基因片段以进行判定。Sanger办法对包含重复和二级结构的杂乱DNA区域很有协助，而且一般被用作验证NGS检测到的遗传变异的正交办法。

可是，与NGS比较，Sanger测序的通量较低，因而或许不合适大型项目。Sanger测序能够对较小的DNA区域、一小组基因以及一般少于1000个样本进行高精确的测序。

事实上，关于较小规模的项目，运用Sanger基因测序办法进行靶向或聚集测序的项目时刻、本钱和杂乱性要低得多，一般运用的是细管电泳法，即：在毛细管电泳仪器上的毛细管内运用Sanger测序化学，有助于查明基因片段中的单个碱基。

新一代测序

测序方针的会严峻影响到测序办法的挑选。Sanger测序合适少数基因或短基因组片段。NGS 测序发则合适用于大面积的基因组或全基因组测序。与运用Sanger测序比较，NGS测序法具有高通量的特色能够使大型项目快速、简单、低本钱地进行完结测序。所以NGS是全基因组测序、全外显子组测序、剖析大型基因组、检测稀有变异以及发现和确诊的较为抱负的挑选。但是，关于靶向测序，NGS或许比Sanger贵。一起，NGS 所运用的NGS测序仪，仪器本钱较高，而且NGS作业流程比Sanger测序更杂乱，

长读长测序

在长读长测序中，基因片段在穿过纳米孔时独自测序（Oxford Nanopore Technologies），或许在单个小孔中仿制。较长的堆叠序列使拼装更简单，就像用更少的大块拼图拼图，而不是NGS中更多的小块。其他长处包含消除了扩增误差，而且能够更简单地检测到大刺进/缺失、重复区域等特征。长读长测序的错误率或许高于NGS，但继续的技能改善正在缩小精确度的距离。