环境DNA(简称eDNA)指直接从环境样品(如土壤、水和沉积物等)取得的遗传物质。其来历广泛，包含体液，粪便，掉落的安排等，EDNA技能包含样品收集，eNDA采纳与eDNA剖析，其间eDNA剖析首要包含引物规划、PCR扩增（聚合酶链式反应）、测序等。底栖生物是水生生态体系的重要组成部分, 亦是海洋环境质量的重要方针, 对了解生态体系的结构具有重要意义。按生活方式可分为底栖植物(微藻、大型海藻等)和底栖动物。以底栖蓝藻为例, 蓝藻群落生物量会在极地湖泊和池塘的底栖环境很多成长, 对固碳做出了重要贡献。

eDNA样品收集：

样品收集首要分为直接采水法和过滤法。直接采水法是将水样收集到灭菌离心管中，收集体积在15ml-10L，常用的在1-2L.过滤法将水样中DNA分子截留在滤膜上，现在运用的滤膜有硝酸纤维滤膜、聚碳酸酯滤膜、玻璃纤维滤膜及混合纤维滤膜，关于大型无脊椎动物，滤膜法检出率更高，滤膜的孔径依据实践需求来挑选，或许用多个孔径的滤膜屡次过滤，削减阻塞几率，WATERRA能够十分有效地从很多水（活动或阻滞）的过滤中收回水生生物的DNA。过滤介质有 5 种不同的孔径，从 0.1 到 5 微米；过滤器大表面积：300 cm² 或 600 cm²，答应多达 100 升或更多的水经过。增加了捕获方针物种 eDNA 的几率。

在弗雷塞尔湖底栖环境的研讨中发现有很多的蓝藻生物量堆集。运用形状学和分子办法对南极维多利亚州南部弗雷塞尔湖的天然和人工微生物垫中蓝藻的表型和基因型多样性进行剖析。其间分子办法指包含16S rRNA基因克隆库, 变性梯度凝胶电泳(denatured gradient gel electrophoresis, DGGE)和测序, 一起结合光学显微镜调查成果, 判定出8种形状性; 而分子东西则发现了15种体系型。分子成果表明南极蓝藻多样性远大于独自依托传统显微镜剖分出的形状分型。因而, 分子东西能更完整地弥补描绘南极湖泊底栖中的蓝藻多样性。这也是选用PCR引物对16S rRNA基因和对蓝藻序列特异的ITS进行扩增, 并进行蓝藻多样性剖析的多相剖析的打破。Destombe等选用DNA条形码技能对种在欧洲北大西洋和摩洛哥海岸两种江蓠属大型藻类进行研讨, 使用3种独立符号的条形码cox2-cox3距离区、叶绿体基因rbcL和ITS 2区域对其差异进行遗传剖析, 证明了北大西洋存在两个名为G.gracilis的并行分支物种已有200年的前史。研讨一起证明多基因条形码能更精确地描绘这两种形状学物种并检测假定的杂交的产生。刘晨临和林学政使用形状学和DNA条形码对白令海海域和冰岛邻近海域的褐藻进行判定, 并对其来历进行剖析。其间采自白令海海域的褐藻为孔叶藻亚种(Agarum clathratum subsp.Clathratu), 来历于日本北海道, 另一种为瘤状囊叶藻(Ascophyllum nodosum), 常见于北大西洋沿岸。