菖蒲是临床常用的芳香开窍药，具有化湿开胃，醒神益智，开窍豁痰的功能，在临床上发现，毛茛科的九节菖蒲与天南星科的菖蒲，功效，应用方面都有着不同之处，九节菖蒲比菖蒲的毒性要大，在临床的时候两者是不可混淆应用的.

菖蒲的根茎呈扁圆柱形，多弯曲，常有分枝，表面棕褐色，灰棕色，粗糙，有疏密不均的环节，具细纵纹，一面残留须根或圆点状根痕;节.上有略呈三角形的叶痕，左右交互排列，有的有毛鳞状的叶基残余。质硬，断面纤维性，类白色或微红色，内皮层环纹明显，可见多数散列维管束小点及棕色油点。气芳香，味苦，微辛。九节菖蒲根茎略呈短小纺锤形，表面棕黄色至暗棕色，具多数半环状突起的环节，斜向交互排列，节上有鳞叶痕及点状突起的根痕。质坚脆，断面平坦颗粒状类白色至黄色，粉性。
气微，味微酸而稍麻舌石菖蒲根茎横切面:表皮细胞1列，排列紧密;外壁增厚，棕色，有的含有红棕色物质。且内皮层细胞凯氏带明显。中柱散列多数维管束，主为周木型，紧靠内皮层环排列较密。有少数有限外韧型维管束，束鞘纤维发达。纤维束与维管束周围薄壁细胞含草酸钙方晶，形成晶鞘纤维，阿尔泰银莲花，根茎横切面:表皮细胞1列，扁平，排列紧密，外壁增厚.黄棕色，且木栓化。皮层外缘散有石细胞，石细胞壁较薄，类圆或椭圆形。
中柱内有6~ 12个外韧维管束呈环状排列;射线宽广，与髓部、皮层联成一体;维管束无限外韧型;  韧皮部细胞紧缩;形成层不明显，木质部导管多角形或类圆形，髓部宽广。本品薄壁细胞中充满淀粉粒。而现代所用之九节菖蒲为毛茛科多年生草本植物阿尔泰银莲花的根茎，二者来源于不同的植物。通过对石菖蒲与九节菖蒲在基原、性状、显微、理化、药理的比较，可以看出二者之间有明显的区别，不应混淆应用。
石菖蒲与水菖蒲必须区别，阿尔泰银莲花的根茎九节菖蒲作石菖蒲纯是乱用，石菖蒲、水菖蒲都是溪涧旁长的，他们有些相像,  但水菖蒲叶子又宽又长，水菖蒲根粗大，没有密节，石菖蒲根比较小，一节一节的.

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