好氧堆肥：畜禽粪便中含有大量的有机物及丰富的氮、磷、钾等营养物质，是农业可持续发展的宝贵资源，因此对粪便进行好氧堆肥是目前广泛使用的处理方式。根据粪便原料和辅料的特性，根据堆肥要求的碳氮比和水分含量，对粪便和辅料按一定比例混合，并对堆体中氧气和温度进行适当控制，使粪便快速发酵生产有机肥。这种方法处理粪便的优点在于最终产物臭气少，且较干燥，容易包装、施用，可作为土壤改良剂或有机肥料应用于农业生产。沼气发酵：根据畜禽粪便中有机物含量高的特点，在一定的水分、温度（35℃~55℃）和厌氧条件下，通过各类微生物的分解代谢，最终形成甲烷和二氧化碳等可燃性混合气体（沼气），同时杀灭粪水中大肠杆菌、蠕虫卵等。沼气是清洁能源，可作为燃料用于家庭生活，养殖场大量沼气也可进行发电并网；沼渣沼液中含有氮、磷等成分，可作为肥料用于农业生产、也可用于养鱼、作物浸种等，沼气发酵是我国目前使用较广泛的粪便处理方法之一。
饲料利用：研究证明，畜禽粪便含有大量未消化的粗蛋白、粗纤维、粗脂肪和矿物质等，其中氨基酸的组成也比较齐全、含量也较丰富，经过加工处理后，可杀死病原菌、提高蛋白质的消化率和代谢能、改善适口性，能成为较好的饲料资源。
采用堆肥堆垛机进行牛粪发酵，并加入微生物菌株促进牛粪发酵过程。牛粪和细菌被均匀搅拌和堆放在所建的发酵罐中。当材料上升到一定温度时，用饺子机将其倾倒，以降低温度，方便应变的繁殖。发酵也可以使用履带堆垛机，与罐式发酵相比，不需要特殊的罐体，使用更方便。小型牛粪有机肥生产线发酵物料经配料系统配料后, 由皮带输送机提升和输送后粉碎、筛分分级, 筛上物返回到混合间配料, 筛下粉状部分由皮带输送机输送进行配料、造粒、烘干、冷却、包膜、进行包装, 成品在成品库储存。